La racine est reconnue pour ses propriétés cholagogues et laxatives. Elle est recommandée pour pallier les troubles du foie ou des reins. Cependant, l’eupatoire est toxique à forte dose. Elle est également hépatoprotectrice, antitumorale et, en usage externe, cicatrisante des plaies et contusions. C’est une plante bio-indicatrice. Elle indique des terrains frais.